Minilo je že 20 let, odkar so svetovni voditelji prostovoljno podredili oblast vesoljskim silam in XCOM, zadnja obrambna linija človeštva, je bil prepuščen pogubi. Svet se je spremenil do nerazpoznavnosti!

Zdaj Zemljo obvladujejo vesoljci in se hitro lotevajo gradnje osupljivih mest, ki obljubljajo boljšo prihodnost za človeštvo. Vendar ni nič tako popolno, kot se zdi na prvi pogled — tujci namreč skrivajo skrivni, grozljiv cilj. Tisti, ki se poskušajo uprti, bodo kruto plačali.

Samo tisti, ki živijo na robovih sveta, se lahko veselijo obljube svobode. Ravno v teh krajih ljudje poskušajo znova okrepiti svojo moč in zbrati vojsko, ki se bo zavzela za interese človeštva.

Preostanki posebnih enot XCOM morajo najti pot, kako vstati iz pepela in znova zbrati moči, poskušati razkriti grozljivo resnico, ki se skriva za okupacijo, ter odpraviti nezemeljsko grožnjo enkrat za vselej.