20 év telt el azóta, hogy a világ vezetői önként alávetették magukat az idegen erők uralmának, és az XCOM, az emberiség utolsó védelmi vonala a végzetére maradt. A világ a felismerhetetlenségig megváltozott!

Az idegenek most a Földet uralják, és gyorsan nekilátnak a káprázatos városok építésének, amelyek az emberiség számára egy szebb jövőt ígérnek. De semmi sem olyan tökéletes, mint amilyennek elsőre tűnik - mert az idegeneknek van egy titkos, félelmetes céljuk. Akik megpróbálnak ellenállni, keményen megfizetnek érte.

Csak azok örülhetnek a szabadság ígéretének, akik a világ peremén élnek. Ezeken a részeken az emberek megpróbálják visszanyerni erejüket, és hadsereget gyűjteni, hogy kiálljanak az emberiség érdekeiért.

Az XCOM Különleges Erők maradványainak meg kell találniuk a módját, hogy feltámadjanak a hamvaiból és visszanyerjék erejüket, megpróbálják feltárni a megszállás mögötti rémisztő igazságot, és egyszer s mindenkorra felszámolni az idegen fenyegetést.