Vloge se obračajo. Organizacija XCOM prehaja v napad. Sooča se vendar z omejenimi viri in s svojega novega mobilnega poveljstva mora izvajati partizanske pohode proti nezemeljskim enotam. Igralce čaka kombinacija surove ognjene moči in tihotnega taktičnega pristopa, najemanje novih vojakov za XCOM in gradnja mreže upora. Le tako lahko razkrijejo zahrbtne načrte tujcev in rešijo človeštvo.

Svet se je spremenil. Minilo je že 20 let, odkar so se svetovni voditelji prostovoljno podredili oblasti nezemeljskih sil. XCOM, ki predstavlja zadnjo obrambno linijo človeštva, je bil prepuščen pogubi. Nezemljani, ki zdaj vladajo Zemlji, se hitro lotevajo gradnje osupljivih mest, ki so obljuba boljše prihodnosti za človeštvo. A nič ni tako popolno, kot se zdi na prvi pogled — osvojitelji imajo skrivni, grozo vzbujajoč cilj. Tisti, ki se poskušajo upreti, bodo drago plačali.

Samo tisti, ki prebivajo na obrobjih sveta, se lahko veselijo obljube svobode. Ravno v teh krajih ljudje poskušajo znova pridobiti svojo moč in zbrati vojsko, ki se bo borila za interese človeštva. Ostanki enot XCOM morajo najti način, kako se dvigniti iz pepela in znova okrepiti, poskušati razkriti grozljivo resnico, ki se skriva za okupacijo, in enkrat za vselej odpraviti nezemeljsko grožnjo.