Pogosto upodobljen predstavnik glavnih negativnih vlog se vrača, vendar tokrat ne v obliki zbirke duhovitih kratkih „miniiger“, ampak v klasični arkadi. Wario si je tokrat prisvojil čarobno palico, ki mu omogoča spreminjanje v najrazličnejše podobe med igro, kar naredi igranje zelo pestro in izvirno. S to lastnostjo je povezana tudi premišljena zasnova igralnega okolja – na določena mesta (na katerih se običajno nahajajo posebej cenjeni predmeti in pripomočki) pridete le v ustrezni preobleki. Ne manjkajo niti dobro uveljavljene minigre, intuitivno upravljanje s pisalom in seveda nepogrešljivi šefi, ki stražijo konce posameznih stopenj. Okradeni čarovnik (ki je bil prvotni lastnik omenjene palice) se pa ne namerava ponižno sprijazniti s nastalo situacijo, zato bo Wariu nenehno v petah.