Za razliko od drugih iger v seriji Shinobido, je ta igra sestavljena iz različnih zgodbovnih linij, ki opisujejo različne dogodke, ki vplivajo na like in celotno Utakatu. Čeprav obstaja glavni konflikt, ki poteka skozi večino igre, ta včasih preide v ozadje zaradi števila misij. Po dogodkih iz prejšnje igre so nindže Asuka uspešno obnovile vas Asuka. Zgodba se začne, ko Goh prejme pismo od Sadame, v katerem piše, da je Akame najela Kabuta, da ji ukrade dokumente, in da jo je presenetilo, da Kabuto še vedno živi. Goh se odpravi v rezidenco Akame, da jih dobi nazaj. Ko se poglobimo v igro, si Ichijo namerava vzeti hčer sosednjega fevdalnega gospoda, princeso Azami, vendar gospod pristane le, če Goh odstrani nindžo Kenobija, ki straši prebivalce mesta. Gospod sprejme Ichijovo ponudbo, ko Goh dokonča nalogo. Na dan poroke tajanstveni banditi napadejo Ichijoja, vendar jih ustavi Goh, zato Ichijio pošlje Goha, da to razišče. Goh kmalu ugotovi, da so trije samurajski generali Ichijoja izdali, enega od generalov ujame in ugotovi, da je za poročni incident odgovorna Miroku, duhovnica Sadame, in dokumenti, ki jih dobi od Akame, so Sadamejevi dnevnik. Ti navajajo, da je vera Amuritha le njena kreacija. Goh se odpravi v samostan k Miroku in jo premaga, nato Goh nenadoma izgine. Zjutraj Zaji in Kinu iščeta Goha v samostanu, vendar ne najdeta ničesar razen mrtvih teles.