Nadaljevanje ninja akcije Shinobido, v kateri je pripravljen povsem nov zaplet, veliko akcijskih prizorov in seveda tudi intuitivno upravljanje preko zaslona na dotik. Zgodba se odvija pol leta po dogajanjih prvega dela, ko v nekoč mirno območje Utakata vdre državljanska vojna. Glavni junak Zen bo že na začetku izdan s strani svojih najbližjih, pri čemer bo med izdajo huje ranjen. Na srečo se izogne smrti in se kot ninja odloči podati po sledeh tistih, ki so ga izdali.

Čeprav se igra ne izogne klasičnim akcijskim prizorom, je zasnovana predvsem na ninjskem stealth sistemu, zato ima uničevanje iz zasede osrednjo vlogo. Razvijalci so sicer avtorji uspešne serije Tenchu, iz katere črpajo veliko navdiha.