Pol stoletja po tem, ko je upor Red Faction in njihovih zaveznikov osvobodil Marauder Mars iz brutalne oblasti Earth Defense Force, je harmonija na Marsu znova ogrožena, vendar je tokrat smrtonosna sila zavita v skrivnost.

Ko je uničen masivni Terraformer, ki je Marsu, tako kot na Zemlji, zagotavljal zrak, se atmosfera spremeni v kaos: super-tornadi in strele, ki požirajo planet. Da bi preživeli, se kolonisti morajo umakniti v podzemne rovove in zgraditi mrežo bivalnih jam.

Pet let pozneje Darius Mason, vnuk junakov revolucije z Marsa Aleca Masona in Samanye, vodi donosno trgovino v Bastionu, na križišču v metroju. Rudarjenje, čiščenje, delo žoldnerja — v nekaterih primerih nevarno delo — Darius je pravi človek za to. Nekaj preudarnih ljudi, katerih podjetja so bila na površju uničena, postane odjemalcev dobaviteljev, kot je Darius, in tihotapcev, ki opravljajo trgovanje med naselji.

Ko Darius s ponovnim odprtjem skrivnostnega jaška v starem templju Marauder sproži dolgo spijoče zlo, se sproži Armagedon na Marsu. Kot kolonist odkrijete, da so naselbine Marauderjev raztrgane na koščke. Morda lahko človeštvo reši le Darius in Red Faction. Boj bo potekal prek planeta, razburkanega z nevihtami, in pod njim, vse do njegovega samega jedra.