Pol stoletja po tem, ko je upor Red Faction in njihovih zaveznikov osvobodil Marauder Mars pred brutalnimi silami Earth Defense Force, je na Marsu spet ogrožena harmonija, vendar je tokrat smrtonosna sila zavita v skrivnost.

Ko je uničen masiven terraformer, ki je Marsu zagotavljal zrak, kot ga ima Zemlja, se atmosfera spremeni v kaos — supertornada in strele, ki požirajo planet. Da bi preživeli, se kolonisti morajo umakniti v podzemne rudnike in zgraditi mrežo bivalnih jam.

Pet let pozneje Darius Mason, vnuk junakov revolucije na Marsu Alec Mason in Samanya, vodi donosno trgovino v Bastionu, na križišču v podzemni železnici. Rudarstvo, čiščenje in žoldniersko delo so včasih nevarni; Darius je vaš človek. Nekateri razumni ljudje, katerih posli so bili uničeni na površju, postanejo kupci pri dobaviteljih, kot je Darius, in pri tihotapcih, ki vodijo trgovino med naselji.

Ko Darius ob ponovnem odprtju skrivnostnega jaška v starem Marauderjevem templju sproži dolgo speče zlo, se na Marsu sproži Armagedon. Kot kolonist boste ugotovili, da so naselbine Marauderjev raztrgane na koščke. Mogoče lahko človeštvo reši le Darius in Red Faction. Bitka bo potekala po planetu, ki ga raztrgajo nevihte, in pod njim, vse do njegovega jedra.