V oddaljeni prihodnosti so v človeških možganih odkrili psionični hormon, ki ljudem omogoča psionične sposobnosti, kar je spremenilo ves poznani svet. Ko je človeštvo vstopilo v novo ero, so se pojavili mutanti, imenovani Others, ki si želijo človeških možganov. Mutanti so zelo odporni proti običajnim konvencionalnim orožjem, zato so bili sprejeti posebni ukrepi za boj proti tej doslej nevideni grožnji, ki ogroža človeštvo. Scarlet Nexus je lepo stilizirana akcijska igra z izvirnim bojnim sistemom, polnim nadnaravnih sposobnosti.
Uporaba psiho-kinetičnih sposobnosti je postala najmočnejše orožje po vsem svetu. Dviganje, lomljenje in metanje kosov okolja ter s tem ustvarjanje močnih napadov in kombinacij so edini načini, kako premagati mogočnega sovražnika.
Pokvarjeni mutanti, ki so se spustili z neba, zelo odporni proti konvencionalnim napadom in obrambi, so se odločili pustošiti svet. So v nenehni agoniji, ki jo povzroča mutacija, zato iščejo možgane živih bitij, ki bi ukrotili njihovo norost. V tem futurističnem Japonsku se združujeta navdih iz klasičnih anime in zahodnih sci-fi v žanr, imenovan Bran Punk.
V igri boste prevzeli vlogo Yuita Sumeragi iz enote Other Suppression Force (OSF). Postopoma se boste opremili s svojimi psiho-kinetičnimi talenti, raziskali futuristično mesto New Himuka in odkrili skrivnosti Brain Punk prihodnosti. Zgodbo so ustvarili avtorji igre Tales of Vesperia, zato se lahko nadejate kompleksne zgodbe, polne poguma, junaštva in tudi medčloveških odnosov.