Igra za XBOX360 Prototype 2 (Radnet Edition). Glavni junak Alex Mercer ni ravno tipičen junak. Namreč je v New Yorku sprostil supervirus, ki ga je sicer naredil nadnaravno močnega mutanta, a večino prebivalcev spremenil v okužene pošasti. Tako se je iz svetovne metropole spremenila vojna cona, v kateri vojska poskuša vzpostaviti nadzor.

Alex Mercer je izginil štirinajst mesecev po tem, ko so v New Yorku izbruhnili boji. Vojska poskuša obnoviti red in je mesto razdelila na tri varnostne cone glede na stopnjo okužbe. Rdeča cona je najslabša; tukaj še vedno vlada neobvladljiv kaos in virus ima prevlado.

James Heller je rojen Newyorčan in je služil kot vojak v Afganistanu in Iraku. Ob izbruhu virusa je izgubil hčer in ženo, zato je poln jeze in želje po maščevanju. Prostovoljno se prijavi za službo v rdeči coni. Želi umreti in vzeti s seboj čim več mutantov.

Glavna mutacijska sposobnost Jamesa Hellerja temelji na nenavadnih mesnatih poganjkih, ki jih izstreli in s katerimi zajame poljubne predmete, bodisi avtomobile ali sovražnike. Ti so nato precej brutalno raztrgani s posebno silo. Junak ima še druge sposobnosti, podobne tistim iz prvega dela.