Metal Gear Solid Portable Ops nas popelje v leto 1970. Naked Snake, znan tudi kot Big Boss, je prevzel poveljstvo posebne enote FOX, ki pa je zelo kmalu izdala zaupanje svojega poveljnika, ušla nadzoru in si na zasedeni vojaški bazi nekje v južnoameriški džungli uredila oporišče (polotok z nežnim imenom La Peninsula de los Muertos, oziroma polotok mrtvih). Poleg tega so člani enote FOX CIA pred nosom izmaknili nekaj jedrskih bojevih glav, ki jih nameravajo poslati proti Sovjetski zvezi – da bi dogodke do zdaj neprijetno mrzle vojne potisnili v nekoliko bolj vroč konflikt.