Poleg predelane grafike in izboljšane igranosti vas čaka tudi nova stranska zgodba, v kateri Bowser Jr. zbira vojsko, ustvarja formacije, podpira svoje zaveznike z arsenalom gibov in splošno povzroča kaos (v najbolj pozitivnem pomenu besede).
Mario & Luigi Bowser Inside Story: - slavna serija Mario & Luigi se vrača z novo zabavno akcijsko RPG igro. Na začetku igre se Mario in Luigi odpravita na zbor k princesi Peach, ki je obupana, ker je Gobovo kraljestvo zajela skrivnostna Metakorjeva bolezen. Vendar pa zbor prekine izdajalski Bowser, ki s pomočjo vakuumske gobe vsrka v svojo notranjost vse udeležence.
Vaša naloga bo priti ven iz Bowserjevega telesa. Pri tem vam bo služila serija napadov in tudi možnost upravljati Bowserja s pomočjo njegovih živcev in mišic. Pridružite se Mario Bros. na njihovih daljših, a tokrat tudi širših potovanjih, polnih zabave in akcije. V nasprotju s prejšnjimi deli se bo Mario & Luigi Bowser Inside Story bolj posvetil funkcijam DS mikrofona in zaslonu na dotik, kar vam bo zagotovilo več užitka. Zdaj ponuja 6 kategorij napadov med bojem. Odvisno je le od vas, s katerim slogom se boste borili.