Daxter je povsem nov pogled na svet Jak and Daxter, ker je končno igralcem omogočil igranje v vlogi modrega pomočnika.
Daxter si prizadeva premakniti svet Jak & Daxter v novo smer, ki igralcem omogoča, da nanj pogledajo iz povsem drugačne perspektive.
Igra se odvija v dveh letih, ki jih Daxter preživi v prizadevanju najti in osvoboditi Jaka, ki je bil zaprt med dogodki, ki so privedli do začetka Jak II.
Daxter je zdaj prepuščen sam sebi, na neznanem kraju, in hitro uvidi, da mu majhnost in kosmatost ne povečata možnosti za preživetje.
Daxter sprejme delo deratizatorja, da bi pomagal odpraviti skrivnostno infestacijo z žuželkami, in preiskuje dele Haven City ter zbira sledi, da bi našel Jaka