Dogaja se nekaj zloveščega, vrbe izginjajo iz Pravljične dežele in kraljica vil prosi Silk, naj poišče čarovnico Natu de Cotton za pomoč. Cotton je pripravljena pomagati svojemu staremu prijatelju in se skupaj podati v novo pustolovščino.

Cotton Fantasy se igra podobno kot prejšnje igre v seriji. Poleg tradicionalnih ravni s side-scrolling mehaniko ima igra tudi ravni, kot v Panorama Cotton in Rainbow Cotton. Mehanika Jewel Fever iz Reboota je bila prenovljena in predmeti zdaj padajo iz sovražnikov, kadar jih zadenejo magične čarovnije.