Az Alliance: Future Combat egy taktikai elemekkel tarkított valós idejű stratégiai játék, melyben a játékos az AEGIS elit amerikai egység parancsnokának szerepébe bújhat, vagy egy szélsőségesekből álló hadsereg élére állhat több mint 20 különböző küldetésben. A játék 2008-ban játszódik, amikor az Irán, Afganisztán, India és Kína közötti területet Észak-Dzsombisztáni Demokratikus Köztársasággá alakították át. Az új állam kormányának minden fillérre szüksége van a fenntartásához, ezért megengedi az amerikai kormánynak, hogy szupertitkos földalatti katonai bázist építsen Dzsombisztán területén. Azonban senki, még a dzsombisztáni kormány sem tudja, hogy a katonai bázis valójában egy kutatóközpont, ahol a géntechnológiával és annak hadviselésben való felhasználásával kapcsolatos kísérleteket és kutatásokat végeznek.